Пресудну одлуку доноси 1843. године пресељавајући се из Новог Сада у слободну Србију где постаје професор физике на Лицеју. Мада формално школован за друге делатности, овај словенофил већ у првој школској години у Београду предаје историју и литературу Словена. Три године касније, Шафарикова предавања постају обавезан предмет.
Ученог Словака не мимоилазе обновитељи Српског ученог друштва, па 1844. године Јан Шафарик постаје њихов члан. Половином 19. века оснива Одбор Просвештенија, касније прву школску комисију Кнежевине Србије.
Педесете године претпрошлог века, Шафарик посвећује сакупљању старих српских текстова. У млетачкој архиви преписивао је старе српске текстове. Захваљујући њему, списи за чувену Хрисовуљу цара Стефана Душана нису завршили у тами венецијанских архивских складишта. Такође је био обузет српском традицијом, а неуморно је трагао за нашим старим новчићима и прикупио богату збирку.
Поклонио ју је музеју у Београду 1861. године, када је прихватио и дужност првог "чувара" тек успостављеног музеја. Исте године постао је и библиотекар, прецизније управник садашње Народне библиотеке Србије. За осам година његове управе, библиотека је израсла у културну установу богатог књижног фонда, а још више разних списа, докумената и пергамената из средњег века.
Јанко Шафарик написао је много књига од којих изузетну вредност имају: "Житије Стефана Уроша Трећег", "О приложеним грбовима српских земаља и владара", "Описаније свију до сада познатих србских новаца","Српски споменици млетачког архива" и "Живот деспота Стефана Лазаревића".
Члан Државног савета постао је 1869. године, а неколико пута биран је за председника Српског ученог друштва. Јанко Шафарик, Словак, обогатио је историографску, библиотечку и музејску делатност Кнежевине Србије. У културној историји своје друге отаџбине оставио је сјајан траг.
Животни пут Јанко Шафарик завршен је на данашњи дан у Београду 18. јула 1876. године. Сахрањен је на некадашњем гробљу Свети Марко, код истоимене цркве на Ташмајдану.
Јован Николић