Немци му нису опростили улогу у обарању Тројног пакта крајем марта 1941, па су га у Другом светском рату, чим су окупирали Југославију, конфинирали у манастир Љубостиња, затим у манастир Војловица. С патријархом Гаврилом (Дожић) заточен је 1944. у логор Дахау и они су били једина два црквена великодостојника у Европи послата током рата у концентрациони логор.
Као непомирљиви противник комунизма, после ослобођења Југославије није се вратио у отаџбину, сматрајући да ће народу више помоћи у емиграцији. "Када кућа гори, пожар се гаси споља", често је говорио.
Умро је у руском манастиру светог Тихона у Саут Канану у Пенсилванији (САД), а сахрањен је на српском народном гробљу поред манастира светог Саве у Либертвилу. Мошти су му пренесене у завичај 1991.
Дела: "Религија Његошева", "Беседе под Гором", "Изнад греха и смрти", "Душа Србије", "Србија у светлости и мраку", "Духовни препород Европе", "Агонија цркве", "Речи о Свечовеку", "Молитве на језеру", "Омилије", "Охридски пролог", "Теодул", "Српски народ као Теодул", "Средњи систем", "Индијска писма", "Мудра игуманија љубостињска", "Стослов о љубави", "Христе, дођи у Азију", "Индијски Савле", "Касијана", "Земља недођија", "Жетве Господње", "Диван", "Једини човекољубац" (недовршено).
Прочитајте:
- Живот светог владике Николаја Велимировића
- Епископ Николај: Изнад Истока и Запада