Ђинђић је убијен у Београду на степеништу зграде седишта Владе Србије 12. марта 2003. у 12:23. Погођен је једном у груди, метком који је пробио његово срце и убио га скоро тренутно. Брзо је одведен у болницу, где је примењен одговарајући поступак, али је његова смрт, ипак, проглашена један час касније. Према званичном Владином саопштењу, Ђинђић није био при свести након доласка у болницу. Његов телохранитељ Милан Веруовић је такође био тешко рањен у стомак од другог хица.
Оба метка је, снајпером, са 130 метара удаљености, испалио је полицијски специјалац Звездан Јовановић, са прозора зграде Завода за фотограметрију. Јовановић је током своје завршне речи на суђењу поводом убиства Зорана Ђинђића изјавио да никада није на човека пуцао из снајпера, односно да није обучени снајпериста.
Свих 12 оптужених за убиство премијера Зорана Ђинђића је осуђено на дугогодишње казне затвора. Милорад Улемек и Звездан Јовановић осуђени су на 40 година.
Убиству тадашњег председника Владе је претходило неколико ранијих неуспелих покушаја убиства. Најпознатији неуспели атентат изведен је у јутро 21. фебруара 2003. године, када је Дејан Миленковић Багзи, члан тзв. земунског криминалног клана, возећи камионет ауто-путем, код Београдске арене, покушао да заустави аутомобил у којем је био премијер, док су у заседи поред ауто-пута, наоружани минобацачима и аутоматским пушкама, чекала четворица атентатора. Ипак, Ђинђић је, захваљујући деловању обезбеђења, избегао озбиљне повреде и преживео покушај убиства.
Б92
Зоран Ђинђиц - Неиспричане приче