Ђинђић је био први премијер Србије после пада режима Слободана Милошевића и доласка на власт Демократске опозиције Србије (ДОС). Влада на чијем је челу био изабрана је 25. јануара 2001. године. За време његовог мандата покренут је процес демократизације друштва и коренитих економских и социјалних реформи. Допринео је изградњи добрих односа са свим западним земљама, посебно са САД и Немачком, после година изолације и ратова. Ђинђићева влада се снажно залагала за сарадњу са Хашким трибуналом за ратне злочине, за њено време суду Уједињених нација изручено је неколико оптуженика, међу којима и бивши председник Србије и СРЈ Слободан Милошевић.
У обраћању посланицима Народне скупштине Србије, у јануару 2001., по избору чланова његовог кабинета, Зоран Ђинђић је поручио да нова влада жели да од Србије направи "демократску цивилизацију, односно да успостави основне демократске темеље" државе.
На примедбе да није патриота одговарао је онако како многи тек сада говоре: "За мене је патриотизам да моја деца остану да живе у мојој земљи, да говоре матерњи језик, а да не морају да иду по белом свету трбухом за крухом. Патриотизам је то да цене моју земљу, да ја са својим пасошем могу да идем поносно преко било које границе. За тај патриотизам ће се ова влада залагати и ми смо у овом смислу велике патриоте".
Зоран Ђинђић је један од оснивача ДС, у којој је прво био председник Извршног одбора, а од јануара 1994. до убиства председник. После његовог убиства једно време га је мењао Зоран Живковић, онда је за председника изабран Борис Тадић, и на том месту остао пуних осам година, а од новембра 2012. лидер ДС је Драган Ђилас.
Зоран Ђинђић је био први, после 1945., некомунистички градоначелник Београда. За првог човека престонице изабран је фебруара 1997., али је после седам месеци смењен, и то на захтев коалиционог партнера СПО. Био је један од дугогодишњих вођа српске демократске опозиције и први оперативац коалиције ДОС, која је поразила режим Слободана Милошевића на савезним и републичким изборима 2000. године.
У првом саопштењу после Ђинђићевог убиства, Влада Србије је као организаторе и починиоце атентата означила криминалце из Земунског клана, а као коловође групе идентификовала некадашњег команданта ЈСО Милорада Улемека Легију, као и вође "земунаца" Душана Спасојевића Шиптара и Милета Луковића Кума. Неколико сати после убиства проглашени су ванредно стање у земљи и почетак полицијске акције Сабља, што је трајало до 22. априла. Велики број умешаних у тај злочин, али и у још многе друге, као убиство Ивана Стамболића, ухапшени су у Сабљи.
У августу 2003. подигнута је оптужница против 44 особе за учешће у убиству премијера, а први на листи, Милорад Улемек, предао се властима у мају 2004., недуго после избора Војислава Коштунице за премијера. Суђење оптуженима почело је 22. децембра 2003. у Окружном суду у Београду - Одељење за борбу против организованог криминала. Они су 23. маја 2007. оглашени кривим и осуђени на укупно 378 година затвора. Правноснажне пресуде прогласио је Врховни суд Србије 29. децембра 2008. године.
Међу осуђенима су Милорад Улемек, Звездан Јовановић, Александар Симовић, Владимир Милисављевић, Нинослав Константиновић, Сретко Калинић, Милош Симовић, Милан Јуришић, Бранислав Безаревић, Саша Пејаковић, Жељко Тојага и Душан Крсмановић.
Зоран Ђинђић је сахрањен 15. марта 2003. у Алеји великана на Новом гробљу у Београду, уз присуство више од 70 страних државних делегација, а у погребној поворци на улицама главног града било је више стотина хиљада грађана.
Политичко убиство
Председавајућа већа судија Ната Месаровић рекла је у образложењу да је најтеже сазнање да је председника владе могла да убије организована, криминална, непријатељска организација. Убиство Ђинђића је политичко убиство уперено против државе у коме је учествовао криминализовани део ЈСО и банда Душана Спасојевића, навела је судија Месаровић.
Порука бившима
"Препустите нама нашу шансу, да пробамо на наш начин. Ми хоћемо нову политику, да другим средствима решимо проблеме које ви нисте решили. Од економије до Косова проблеми су катастрофални, али сте их ви направили. Од економије до Косова све сами порази", рекао је Зоран Ђинђић обраћајући се посланицима СПС и СРС у Скупштини Србије јануара 2001. године.
Сабља правде посекла већину злочинаца, али постоје и питања на која још нема одговора
Н. Томић, Данас