Прве две године рата проводи у Тузли, где га хапсе због сарадње са партизанима. У мају 1943. прелази на ослобођену територију, постаје члан КПЈ и члан Агитпроп-а за источну Босну, а затим  политички комесар Тузланског одреда.
У партизанима се оженио Десом Ђорђић. Брат Шефкија му је стрељан 1944, после чега је премештен у Београд, као начелник Одељења за публикације комисије за утврђивање злочина окупатора и њихових помагача. Јуна 1945. родила му се ћерка Слободанка. Лета те године упознаје Драгославу Дарку Божић, кћерку Живорада Божића, дивизијског генерала бивше југословенске војске, због које напушта прву супругу.
По решењу владе Федеративне народне републике Југославије, 1947, премештен је из Београда у Сарајево и ради као професор Више педагошке школе, по решењу министра у влади БиХ, Цвијетина Мијатовића. Издавачка кућа „Свјетлост" издаје му прву књигу, Увријеђени човјек. Дарком се жени 1948. и добијају кћерку Машу. У удружење књижевника БиХ је примљен 1949. Исте године добија трећу кћерку, Јесенку.
Постављен је за доцента на тек основаном Филозофском факултету у Сарајеву, међутим у реизбору 1953. није прошао.
Библиогарафија и филмографија
„Босна-филм" снима филмове по његовим сценаријима: Кућа на обали (режисер Б. Косановић), Палма у снијегу (режисер Р. Новаковић). На сценарију Палма у снијегу пише: „Овај филм је посвећен босанским пјесницима прошлих вијекова који су убијани, у тврђаве затварани, одвођени на далека бојишта да гину, као Хасан Каимија, Илхамија Жепча, Мухамед Неркези и други о којима мало знамо. Ако у тами свога времена нису могли да наслуте свијетло наших дана, они су били изнад својих савременика по томе што су вјеровали у човјека и у побједу правде."
На фестивалу у Пули добија специјалну диплому за хуманистичку садржину сценарија за филм Туђа земља, који је по његовој приповеци режирао словеначки режисер Јоже Гале.
Свој први роман, Тишине, објављује 1961. и скреће пажњу југословенске књижевне јавности. У јесен исте године је постављен за главног уредника ИП „Свјетлост", водеће издавачке куће у БиХ. Почетком следеће године, изабран је за председника Удружења књижевника БиХ.
Већ две деценије окупиран темом изгубљеног и стрељаног брата Шефкије, започиње писање романа Дервиш и смрт. Роман је објављен 1966. у издању сарајевске "Свјетлости" а неренедне године је добио НИН-ову награду.
Матици српској 1967. предаје За и против Вука и започиње рад на Тврђави. Успех романа Дервиш и смрт не јењава.
Почињу пригушени сукоби с тадашњим политичким руководством у БиХ, поготово после боравка Добрице Ћосића у Сарајеву. Цвијетин Мијатовић 1968. убеђује писца да не оде из Сарајева.
У јуну 1971. доживљава мождани удар. Исте године објављено је друго издање Сабраних дела, а  јуна 1972. године је пензионисан и започиње нови сукоб са средином.
У марту 1973, у „Бруса-безистану", на Башчаршији, опрашта се са пријатељима писцима: „Ја вечерас путујем и никада се више нећу вратити..." Сели се у Београд. Пријатељима у Сарјеву поручује: „Прочитајте Куран, све ћете животне мудрости наћи у тој књизи..."
Дервиш и смрт је екранизован 1974, у режији Здравка Велимировића.
У Народном позоришту у Београду је 13. 10. 1974. одржан je књижевни матине какав престоница није упамтила, на којем су своје радове читали: И. Андрић, М. Црњански, Д. Матић, А. Вучо, М. Селимовић, Б. Ћопић, В. Попа и С. Раичковић, а уводну реч дао је Петар Џаџић.
Умро је у Београду, 11. јула 1982.године. Био је почасни доктор Сарајевског универзитета, редовни члан АНУБиХ и САНУ. Дообитник је НИН-овe награда (1967), Горановe наградe (1967), Његошевe наградe и вeћине значајних признања за књижевност у СФРЈ. Његов књижевни опус обухвата приповетке Прва чета (1950), Туђа земља (1957); романе: Тишине (1961), Магла и мјесечина (1965), Дервиш и смрт (1966), Тврђава (1970), Острво (1974); студије и есеје За и против Вука (1967), Есеји и огледи (1966), као и аутобиографски спис Сјећања (1957).
Танјуг